CAUSA: 基于密码子-氨基酸联合序列比对构建高精确度分子进化树 生物信息学、基因组学（包括功能基因组学和比较基因组学）的主要目的是研究生物基因、蛋白和基因组的结构和功能，并重构生物基因、蛋白和基因组的进化历史。多序列比对（multiple sequence alignment, MSA)是DNA和蛋白质分子进化分析、以及结构与功能研究的基本工具。目前多序列比对已经有很多方法，如clustalw, MUSCLE, MAFFT, T-Coffee, PRANK，等等，但序列比对依然容易产生系统性偏差，导致进化分析错误，甚至造成基因、蛋白和基因组结构和功能信息的误读。 一直以来，DNA和蛋白序列比对是分开进行的。学者们认为与蛋白质序列相比，相应的DNA序列中系统发育信号消失的速度更快。因此一般在氨基酸序列水平进行比对和进化分析。近年来，最新研究表明用基于密码子的多序列比对（codon alignment, CA)能够构建更准确的分子进化树。但CA算法计算复杂度非常大，速度很慢，而且我们分析表明其错误率依然很大。 最近，我们提出了一种新的多序列比对和进化分析算法：密码子-氨基酸联合序列比对（Codon and amino acid unified sequence alignment, CAUSA)算法，将DNA和蛋白质序列组合成为“密码子-氨基酸联合序列”（Codon and amino acid unified sequences），并将其用于序列比对和进化分析。理论分析和实例证明，与通常的仅用核酸或蛋白序列的方法相比，CAUSA算法通过整合和挖掘分别埋藏在DNA和蛋白质序列中的信息，提高了多序列比对的准确度，比CA更加准确，避免了在系统发育分析中普遍发生的错误,而且计算速度大大加快。 CAUSA软件，最初被称为DNA+Pro (最新版本1.16），免费下载使用：